Literatuurdeling: Viroomprofilering van wilde klein soogdiere in Wes-Afrika onthul nuwe virusse en soönotiese risiko's

'n Onlangse studie gepubliseer inMikrobioomhet virale metagenomiese analise uitgevoer op 846 wilde klein soogdiere—insluitend vlermuise, knaagdiere en skeermuise—wat in Sierra Leone, Wes-Afrika, versamel is. Die studie het altesaam 39 soogdier-geassosieerde RNS-virusse geïdentifiseer, wat 26 nuwe en 13 voorheen bekende virusse insluit. Onder hierdie het die Paramyxoviridae-familie die hoogste diversiteit vertoon, terwyl knaagdiere die grootste aantal virusspesies gehuisves het (n = 26).

Soönotiese risikobepaling het drie bekende soönotiese virusse—enkefalomiokarditisvirus, Lassa-virus en Rocahepevirus sp.—aan die lig gebring, sowel as drie virusse met potensiële oorlooprisiko: Melian-virus, knaagdierhepatitisvirus en Hunnivirus A. Dit is opmerklik dat onder die nuut geïdentifiseerde virusse Bat ledantevirus 2 die naaste filogenetiese verwantskap met die mens-infekterende Le Dantec-virus getoon het. Serologiese analise het verder neutraliserende teenliggaampies teen hierdie virus in 2,8% van plaaslike inwoners opgespoor, wat dui op vorige, waarskynlik onopgespoorde, menslike blootstelling.

Hierdie bevindinge beklemtoon die teenwoordigheid van 'n aansienlike knaagdier-gedomineerde virale reservoir in Wes-Afrika en onderstreep die kritieke belangrikheid van geïntegreerde toesigstrategieë by die mens-dier-koppelvlak. Die kombinasie van metagenomiese sifting met serologiese validering bied 'n robuuste raamwerk vir die identifisering van virusse met soönotiese en oorspoelpotensiaal.

Oor die afgelope dekade het meer as 60% van opkomende aansteeklike siektes by mense ontstaan ​​uit dierlike reservoirs, met vlermuise, knaagdiere en spitsmuise wat as belangrike gashere van soönotiese virusse erken word. Afrika word wyd beskou as 'n brandpunt vir soönotiese siektes. Sierra Leone het byvoorbeeld meer as 28 000 gevalle tydens die 2014–2016 Ebola-uitbraak aangemeld.

Ten spyte van die beduidende las van soönotiese siektes in hierdie streek, bly die diversiteit en verspreiding van virusse in wilde klein soogdiere onvoldoende gekarakteriseer. Om hierdie gaping aan te spreek, het navorsers 'n sistematiese viroomontleding van 846 wilde klein soogdiere uitgevoer wat tussen 2018 en 2023 op drie terreine in Sierra Leone gevang is. Die studie het ten doel gehad om virale diversiteit te karakteriseer, kandidate met kruisspesie-oordragpotensiaal te identifiseer, soönotiese risiko te bepaal en bewyse te genereer om vroeë waarskuwingstelsels vir opkomende aansteeklike siektes te ondersteun.

Kernmetodes

Die studie het 'n omvattende virale metagenomika-werkvloei toegepas:

• Monsterverwerking:Hart-, lewer-, milt-, long- en nierweefsel is versamel, saamgevoeg, gehomogeniseer en aan totale RNA-ekstraksie onderwerp.
• Volgordebepaling en samestelling:Ribosomale RNA-uitputting is uitgevoer voor biblioteekkonstruksie, gevolg deur hoë-deurset-volgordebepaling met behulp van die Illumina NovaSeq 6000-platform. Virale contigs is de novo saamgestel.
• Virusidentifikasie:Virusse is geïdentifiseer op grond van RNA-afhanklike RNA-polimerase (RdRp) geenbelyning. Slegs gewerwelde-geassosieerde virusse is behou, uitgesluit bakteriese, swam- en plantvirusse.
• Bioinformatika-analise:Filogenetiese rekonstruksie, rekombinasie-analise, kruisspesie-oordragnetwerkmodellering en soönotiese risikobepaling is uitgevoer.
• Serologiese validering:'n VSV-gebaseerde pseudovirus-neutralisasie-toets is ontwikkel vir Bat ledantevirus 2. Neutraliserende teenliggaampies is in 2.8% van menslike sera opgespoor, wat bewys lewer van potensiële soönotiese oordrag.
  

  StudieResultate

  1. Virale Ontdekking en Diversiteit

  Hierdie studie het transkriptomiese volgordebepalingsanalise op 846 wilde diere uitgevoer wat in Sierra Leone versamel is, insluitend knaagdiere, vlermuise en skeermuise. Gebaseer op volledige RNA-afhanklike RNA-polimerase (RdRp) geenreekse, is 'n totaal van 39 soogdier-geassosieerde RNA-virusse geïdentifiseer, wat 13 voorheen bekende virusse en 26 nuwe virusse insluit.

  Wat virale samestelling betref, het die Paramyxoviridae-familie die hoogste vlak van diversiteit oor al drie gasheerordes vertoon, gevolg deur Astroviridae en Picornaviridae. Wat gasheerverspreiding betref, het knaagdiere die grootste virale diversiteit bygedra, met 'n totaal van 26 virusspesies, wat dui op hul prominente rol as reservoirs van virale diversiteit in die streek.

  2. Soönotiese Risiko

  Soönotiese risikobepaling het drie bekende soönotiese virusse geïdentifiseer: enkefalomiokarditisvirus, Lassavirus en Rocahepevirusspesies. Daarbenewens is drie virusse – Melianvirus, knaagdierhepatitisvirus en Hunnivirus A – geïdentifiseer as virusse met 'n potensiële oorlooprisiko.

  Onder die 26 nuut ontdekte virusse, is voorspel dat vier hoë soönotiese potensiaal sou besit gebaseer op filogenetiese en genomiese eienskappe. Dit is opmerklik dat Bat ledantevirus 2 die naaste filogenetiese verwantskap met die bekende mens-infekterende Le Dantec-virus getoon het.

  Daaropvolgende serologiese ondersoek het hierdie bevinding verder ondersteun, aangesien neutraliserende teenliggaampies teen Bat ledantevirus 2 in 2.8% van die sera van plaaslike inwoners opgespoor is. Hierdie resultaat dui daarop dat onopgespoorde of asimptomatiese infeksies reeds binne die menslike bevolking plaasgevind het, wat 'n potensiële maar voorheen onopgespoorde soönotiese oordragroete uitlig.

  3. Kruisspesie-oordragdinamika

  Kruisspesie-oordraganalise het getoon dat knaagdiere 'n sentrale posisie binne die virale deelnetwerk beklee, en optree as sleutelnodusse wat virale uitruiling tussen gasheerspesies fasiliteer. 'n Totaal van 15 virusse is geïdentifiseer as virusse met die potensiaal vir kruisspesie-oordrag.

  Verdere analise van kruisorde-oordragpatrone het aangedui dat virusdeling meer gereeld tussen gashere binne dieselfde taksonomiese orde plaasgevind het, wat daarop dui dat gasheerverwantskap 'n belangrike rol in oordragdinamika speel. In teenstelling hiermee het vlermuise 'n relatief laer kapasiteit vir kruisorde-oordrag getoon.

  Dit is belangrik dat bewyse van gasheerreeksuitbreiding in sekere virusse waargeneem is. Byvoorbeeld, die Melian-virus, wat voorheen as spesifiek vir spitsmuise beskou is, is ook in hierdie studie in knaagdiere opgespoor, wat dui op 'n potensiële verskuiwing in gasheeraanpasbaarheid en 'n verhoogde risiko van breër oordrag.

  

  Gevolgtrekkings en Implikasies vir Openbare Gesondheid

  • Hoë viroomdiversiteit in wilde klein soogdiere:Die ontdekking van 39 RNS-virusse, insluitend 26 nuwe spesies, onthul 'n groot virusreservoir in die streek en rapporteer vir die eerste keer nuwe virusse met hoë soönotiese potensiaal (bv. Bat ledantevirus 2).
  • Knaagdiere as prioriteits toesigteikens:Knaagdiere tree op as sleutelsentrums vir virusoordrag en dra die hoogste virusdiversiteit, wat die grootste oorspoelrisiko verteenwoordig.
  • Behoefte aan geïntegreerde toesigstrategieë:Die bevindinge ondersteun die prioritisering van knaagdiere in aktiewe toesigprogramme en die implementering van geïntegreerde benaderings wat metagenomika, serologie en ekologiese monitering by mens-wildlewe-koppelvlakke kombineer.

  Oor die algemeen verskaf hierdie studie kritieke bewyse ter ondersteuning van vroeë waarskuwingstelsels en risikobepalingsraamwerke vir opkomende soönotiese siektes, wat die belangrikheid van proaktiewe toesig in hoërisiko-streke versterk.

  Produkinligting