'N Nuwe wapen vir tuberkulose -diagnose en opsporing van medisyne -weerstand: 'n nuwe generasie -geteikende volgorde (TNG's) gekombineer met masjienleer vir tuberkulose hipersensitiwiteitsdiagnose
Literatuurverslag: CCA: 'n Diagnostiese model gebaseer op TNG's en masjienleer, wat geskik is vir mense met minder bakteriële tuberkulose en tuberkulêre meningitis.
Proefskriftitel: Tuberkulose-geteikende volgende generasie volgorde en masjienleer: 'n ultra-sensitiewe diagnostiese strategie vir skaars pulmonale buisies en buisvormige meningitis.
Periodieke: 《Clinica Chimica Acta》
As ： 6.5
Datum van publikasie: Januarie 2024
Gekombineer met die Universiteit van Chinese Akademie vir Wetenskappe en Beijing Chest Hospital of Capital Medical University, het Macro & Micro-Test 'n tuberkulose-diagnose-model opgestel op grond van die nuwe generasie van geteikende volgorde (TNGS) tegnologie en masjienleermetode, wat ultra-hoë bied Opsporingsgevoeligheid vir tuberkulose met min bakterieë en tuberkulose meningitis, het 'n nuwe hipersensitiwiteitsdiagnose -metode vir die kliniese diagnose verskaf van twee soorte tuberkulose, en het die akkurate diagnose, opsporing van geneesmiddelweerstandigheid en behandeling van tuberkulose gehelp. Terselfdertyd word gevind dat die pasiënt se plasma cfDNA gebruik kan word as 'n geskikte steekproeftipe vir kliniese steekproefneming in die diagnose van TBM.
In hierdie studie is 227 plasmamonsters en serebrospinale vloeistofmonsters gebruik om twee kliniese kohorte te vestig, waarin die laboratoriumdiagnostiese kohortmonsters gebruik is om die masjienleermodel van tuberkulose -diagnose te vestig, en die kliniese diagnostiese kohortmonsters is gebruik om die vasgestelde te verifieer Diagnostiese model. Al die monsters is die eerste keer geteiken deur 'n spesiaal ontwerpte geteikende vangsonde -poel vir Mycobacterium tuberculosis. Op grond van TB-TNGS-opeenvolging van data, word die beslissingsboommodel gebruik om 5-voudige kruisvalidering op die opleidings- en valideringsstelle van die laboratoriumdiagnostiese tou uit te voer, en die diagnostiese drempels van plasmamonsters en serebrospinale vloeistofmonsters word verkry. Die verkrygde drempel word in twee toetsstelle kliniese diagnose -tou gebring vir opsporing, en die diagnostiese prestasie van die leerder word deur ROC -kromme geëvalueer. Laastens is die diagnosemodel van tuberkulose verkry.
Fig. 1 Skematiese diagram van navorsingsontwerp
Resultate: Volgens die spesifieke drempels van die CSF DNA -monster (AUC = 0.974) en plasma cfDNA -monster (AUC = 0.908) wat in hierdie studie bepaal is, was die sensitiwiteit van CSF -monster onder 227 monsters 97.01%, die spesifisiteit was 95.65%, en Die sensitiwiteit en spesifisiteit van plasmonster was 82,61% en 86,36%. In die ontleding van 44 gepaarde monsters van plasma cfDNA en serebrospinale vloeistof -DNA van TBM -pasiënte, het die diagnostiese strategie van hierdie studie 'n hoë konsekwentheid van 90,91% (40/44) in plasma cfDNA en serebrospinale vloeistof -DNA, en die sensitiwiteit is 95,45% (42/44). By kinders met pulmonale tuberkulose is die diagnostiese strategie van hierdie studie meer sensitief vir plasmamonsters as die XPERT -opsporingsresultate van maagsapmonsters van dieselfde pasiënte (28,57% teenoor 15,38%).
Fig. 2 Analise Prestasie van tuberkulose -diagnosemodel vir bevolkingsmonsters
Fig. 3 Diagnostiese resultate van gepaarde monsters
Gevolgtrekking: 'n Hipersensitiewe diagnostiese metode vir tuberkulose is in hierdie studie vasgestel, wat 'n diagnostiese instrument die hoogste opsporingsgevoeligheid kan bied vir kliniese pasiënte met oligobacillêre tuberkulose (negatiewe kultuur). Die opsporing van hipersensitiewe tuberkulose gebaseer op plasma cfDNA kan 'n geskikte steekproeftipe wees vir die diagnose van aktiewe tuberkulose en tuberkulêre meningitis (plasmamonsters is makliker om te versamel as serebrospinale vloeistof vir pasiënte wat vermoedelik van breintuberkulose is).
Oorspronklike skakel: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009898123004990? via%3dihub
Kort inleiding van makro- en mikro-toets tuberkulose-opsporingsprodukte
In die lig van die ingewikkelde steekproefsituasie van tuberkulose-pasiënte en verskillende behoeftes, bied Macro & Micro-TEST 'n volledige stel NGS-oplossings vir die onttrekking van die vloeibaarheid van sputummonsters, Qualcomm-biblioteekkonstruksie en -volgorde en data-analise. Die produkte dek vinnige diagnose van tuberkulose-pasiënte, opsporing van medisyne-weerstand van tuberkulose, tik van Mycobacterium tuberculosis en NTM, hipersensitiwiteitsdiagnose van bakterieë-negatiewe tuberkulose en tuberkulêre mense, ens.
Seriële opsporingsstelle vir tuberkulose en Mycobacteria:
| Item nr | produksnaam | Produktoetsinhoud | Voorbeeldtipe | toepaslike model |
| HWTS-3012 | Voorbeeldvrystellingsagent | Word gebruik in die vloeibare behandeling van sputummonsters, het 'n eersteklas rekordnommer, Sutong Machinery Equipment 20230047, verkry. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm -hoeveelheid opsporingskit vir hipersensitiewe tuberkulose (sondeopname -metode) | Nie-indringende (vloeibare biopsie) hipersensitiwiteitsopsporing vir bakterieë-negatiewe pulmonale tuberkulose en breinknoppies; Die monsters van mense wat vermoedelik besmet is met tuberkulose of nie-tuberkulose-mycobacteria, is geanaliseer deur 'n hoë-diepte opeenvolgende metagenomika, en die opsporingsinligting of tuberkulose of nie-tuberculosis-mycobacteria besmet is en die belangrikste eerste-lyn medisyne-weerstandsinligting van mycobobacterium tuberkulose is is voorsien. | Perifere bloed, alveolêre spoelvloeistof, hidrothoraks en ascites, fokuspunksmonster, serebrospinale vloeistof. | Tweede generasie |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tik- en medisyne -weerstandsporingsstel (multiplex -amplifiseringsopeenvolgingsmetode) | Mycobacterium tik toets, insluitend MTBC en 187 NTM；Die opsporing van geneesmiddelweerstandigheid van Mycobacterium tuberculosis dek 13 geneesmiddels en 16 kernmutasieplekke van geneesmiddelweerstandige gene. | Sputum, alveolêre spoelvloeistof, hidrothoraks en ascites, fokuspunksmonster, serebrospinale vloeistof. | Tweede/derde generasie dubbele platform |
Hoogtepunte: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium tik- en medisyne-weerstand opsporingskit (multiplex-versterkingsmetode)
Produk Inleiding
Die produk is gebaseer op die belangrikste eerste-en-tweede-lyn medisyne wat beskryf word in die WGO-TB-behandelingsriglyne, makroliede en aminoglikosiede wat gereeld in die NTM-behandelingsriglyne gebruik word, en die medisyne-weerstandswebwerwe dek al een groep medisyne-weerstandige terreine in die Wie mycobacterium tuberculosis complex mutasiekatalogus, sowel as ander medisyne -weerstandige gene en mutasie -terreine volgens die ondersoek en statistiek van Literature met 'n hoë telling tuis en in die buiteland.
Tikidentifisering is gebaseer op die NTM -stamme wat saamgevat is in die NTM -riglyne wat deur Chinese Journal of Tuberculosis en respiratoriese siektes en die konsensus van kundiges gepubliseer is. Die ontwerpte tikprimers kan meer as 190 NTM -spesies versterk, volgorde en aanteken.
Deur middel van geteikende multiplex PCR-versterkingstegnologie is die genotiperingsgene en geneesmiddelweerstandige gene van Mycobacterium deur multiplex PCR versterk, en die amplicon-kombinasie van teikengene wat opgespoor moes word, is verkry. Die versterkte produkte kan in tweedegenerasie of derde generasie hoë-deur-opeenvolgende opeenvolgende biblioteke gebou word, en alle tweede-generasie en derde generasie volgorde-platforms kan aan hoë-diepte volgorde onderwerp word om die volgorde-inligting van teikengene te verkry. Deur te vergelyk met die bekende mutasies wat in die ingeboude verwysingsdatabasis vervat is (insluitend die WHO Mycobacterium tuberculosis-kompleks-mutasiekatalogus en die verband met geneesmiddelweerstandigheid), is die mutasies wat verband hou met medisyne-weerstandigheid of die vatbaarheid van medisyne teen tuberkulose bepaal. Gekombineer met die self-oop sputummonsterbehandelingsoplossing van makro- en mikro-toets, is die probleem van lae nukleïensuurversterkingsdoeltreffendheid van kliniese sputummonsters (tien keer hoër as dié van tradisionele metodes) opgelos, sodat die opsporing van medisyne-weerstandige volgorde kan wees direk toegepas op kliniese sputummonsters.
Produkopsporingreeks
34geneesmiddelweerstandige verwante gene van18teen-tuberkulose medisyne en6NTM -medisyne is opgespoor, bedek297medisyne -weerstandswebwerwe; Tien soorte Mycobacterium tuberculosis en meer as190Soorte NTM is opgespoor.
Tabel 1: Inligting van 18+6 medisyne+190+NTM
Produkvoordeel
Sterk kliniese aanpasbaarheid: die sputummonsters kan direk met self-liquefaction-middel opgespoor word sonder kultuur.
Die eksperimentele bewerking is eenvoudig: die eerste ronde van die versterking is eenvoudig, en die biblioteekkonstruksie word binne 3 uur voltooi, wat die werkdoeltreffendheid verbeter.
Uitgebreide tik- en weerstand teen geneesmiddels: die tik- en medisyne -weerstandsites van MTB en NTM dek, wat die sleutelpunte van kliniese bekommernis is, akkurate tik en opsporing van medisyne -weerstand, die ondersteuning van onafhanklike analise -sagteware en die generering van ontledingsverslae met een klik.
Verenigbaarheid: produkversoenbaarheid, aanpassing aan hoofstroom ILM- en MGI/ONT -platforms.
Produkspesifikasie
| Produkkode | produksnaam | Opsporingsplatform | spesifikasies |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tik- en medisyne -weerstandsporingsstel (multiplex -versterkingsmetode) | Ont 、 illumina 、 mgi 、 salus pro | 16/96RXN |
Postyd: Jan-23-2024