'n Nuwe wapen vir tuberkulosediagnose en dwelmweerstandsopsporing: 'n nuwe generasie geteikende volgordebepaling (tNGS) gekombineer met masjienleer vir tuberkulose-hipersensitiwiteitsdiagnose
Literatuurverslag: CCa: 'n diagnostiese model gebaseer op tNGS en masjienleer, wat geskik is vir mense met minder bakteriële tuberkulose en tuberkulose meningitis.
Proefskriftitel: Tuberkulose-geteikende volgende-generasie volgordebepaling en masjienleer: 'n ultra-sensitiewe diagnostiese strategie vir paucific pulmonary tubulars and tubular meningitis.
Tydskrif: 《Clinica Chimica Acta》
IF: 6.5
Datum van publikasie: Januarie 2024
Gekombineer met die Universiteit van Chinese Akademie vir Wetenskappe en Beijing Chest Hospital van Capital Medical University, het Makro & Micro-Test 'n tuberkulose-diagnosemodel gevestig gebaseer op die nuwe generasie van geteikende volgordebepaling (tNGS) tegnologie en masjienleermetode, wat ultrahoë opsporing sensitiwiteit vir tuberkulose met min bakterieë en tuberkulose meningitis, verskaf 'n nuwe hipersensitiwiteit diagnose metode vir die kliniese diagnose van twee tipes tuberkulose, en het gehelp om die akkurate diagnose, dwelm weerstand opsporing en behandeling van tuberkulose.Terselfdertyd word gevind dat die pasiënt se plasma-cfDNA gebruik kan word as 'n geskikte monstertipe vir kliniese monsterneming in die diagnose van TBM.
In hierdie studie is 227 plasmamonsters en serebrospinale vloeistofmonsters gebruik om twee kliniese kohorte te vestig, waarin die laboratoriumdiagnostiese kohortmonsters gebruik is om die masjienleermodel van tuberkulosediagnose vas te stel, en die kliniese diagnostiese kohortmonsters is gebruik om die gevestigde diagnostiese model.Alle monsters is eers geteiken deur 'n spesiaal ontwerpte geteikende vangsondersoekpoel vir Mycobacterium tuberculosis.Dan, gebaseer op TB-tNGS-volgordedata, word die besluitboommodel gebruik om 5-voudige kruisvalidering op die opleiding- en valideringsstelle van die laboratoriumdiagnostiese tou uit te voer, en die diagnostiese drempels van plasmamonsters en serebrospinale vloeistofmonsters word verkry.Die verkrygde drempel word in twee toetsstelle van kliniese diagnose tou gebring vir opsporing, en die diagnostiese prestasie van die leerder word deur ROC-kromme geëvalueer.Laastens is die diagnosemodel van tuberkulose verkry.
Fig. 1 skematiese diagram van navorsingsontwerp
Resultate: Volgens die spesifieke drempels van CSF DNA monster (AUC = 0.974) en plasma cfDNA monster (AUC = 0.908) bepaal in hierdie studie, onder 227 monsters, was die sensitiwiteit van CSF monster 97.01%, die spesifisiteit was 95.65%, en die sensitiwiteit en spesifisiteit van plasmamonster was 82,61% en 86,36%.In die ontleding van 44 gepaarde monsters van plasma cfDNA en serebrospinale vloeistof DNA van TBM pasiënte, het die diagnostiese strategie van hierdie studie 'n hoë konsekwentheid van 90.91% (40/44) in plasma cfDNA en serebrospinale vloeistof DNA, en die sensitiwiteit is 95.45% (42/44).By kinders met pulmonale tuberkulose is die diagnostiese strategie van hierdie studie meer sensitief vir plasmamonsters as die Xpert-opsporingsresultate van maagsapmonsters van dieselfde pasiënte (28.57% VS 15.38%).
Fig. 2 Analise prestasie van tuberkulose diagnose model vir bevolking monsters
Fig. 3 Diagnostiese resultate van gepaarde monsters
Gevolgtrekking: 'n Hipersensitiewe diagnostiese metode vir tuberkulose is in hierdie studie gevestig, wat 'n diagnostiese hulpmiddel met die hoogste opsporingsensitiwiteit vir kliniese pasiënte met oligobacillêre tuberkulose (negatiewe kultuur) kan verskaf.Opsporing van hipersensitiewe tuberkulose gebaseer op plasma cfDNA kan 'n geskikte monstertipe wees vir die diagnose van aktiewe tuberkulose en tuberkulose meningitis (plasmamonsters is makliker om te versamel as serebrospinale vloeistof vir pasiënte wat van breintuberkulose verdink word).
Oorspronklike skakel: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?via%3Dihub
Kort inleiding van Makro- en Mikro-toets tuberkulose reeks opsporing produkte
In die lig van die ingewikkelde steekproefsituasie van tuberkulosepasiënte en verskeie behoeftes, bied Makro- en Mikrotoets 'n volledige stel NGS-oplossings vir vervloeiingsonttrekking uit sputummonsters, Qualcomm-biblioteekkonstruksie en -volgordebepaling, en data-analise.Die produkte dek vinnige diagnose van tuberkulosepasiënte, geneesmiddelweerstandsopsporing van tuberkulose, tik van mycobacterium tuberculosis en NTM, hipersensitiwiteitsdiagnose van bakterie-negatiewe tuberkulose en tuberkulose mense, ens.
Reeksopsporingsstelle vir tuberkulose en mikobakterieë:
| Item No | Produk Naam | produk toets inhoud | monster tipe | toepaslike model |
| HWTS-3012 | Monster vrystelling agent | Gebruik in die vervloeiingsbehandeling van sputummonsters, het 'n eersteklas rekordnommer, Sutong Machinery Equipment 20230047, verkry. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm-hoeveelheidsopsporingstel vir hipersensitiewe tuberkulose (probe-vangmetode) | Nie-indringende (vloeibare biopsie) hipersensitiwiteitsopsporing vir bakterie-negatiewe pulmonale tuberkulose en breinnodules;Die monsters van mense wat vermoedelik met tuberkulose of nie-tuberkulose-mikobakterieë besmet is, is ontleed deur hoë-diepte-volgordebepaling metagenomika, en die opsporingsinligting van of tuberkulose of nie-tuberkulose-mikobakterieë besmet is en die belangrikste eerstelyn-middelweerstandinligting van mycobacterium tuberculosis verskaf is. | Perifere bloed, alveolêre spoelvloeistof, hidrotoraks en askites, fokuspunksiemonster, serebrospinale vloeistof. | Tweede generasie |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tik en dwelm weerstand opsporing kit (multipleks amplifikasie volgordebepaling metode) | Mycobacterium-tiktoets, insluitend MTBC en 187 NTM；Dwelmweerstandsopsporing van Mycobacterium tuberculosis dek 13 middels en 16 kernmutasieplekke van geneesmiddelweerstandsgene. | Sputum, alveolêre spoelvloeistof, hidrotoraks en askites, fokuspunksiemonster, serebrospinale vloeistof. | Tweede/derde generasie dubbele platform |
Hoogtepunte: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium tik en dwelm weerstand opsporing kit (multipleks versterking metode)
Produk bekendstelling
Die produk is gebaseer op die belangrikste eerste- en tweedelynmiddels wat in die WGO-riglyne vir TB-behandeling beskryf word, makroliede en aminoglikosiede wat algemeen in die NTM-behandelingsriglyne gebruik word, en die middelweerstandsplekke dek al een groep geneesmiddelweerstandverwante terreine in die WGO Mycobacterium tuberculosis komplekse mutasiekatalogus, sowel as ander gerapporteerde geneesmiddelweerstandsgene en mutasieterreine volgens die ondersoek en statistieke van hoë-telling literatuur by die huis en in die buiteland.
Tik-identifikasie is gebaseer op die NTM-stamme wat opgesom is in die NTM-riglyne wat deur Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases gepubliseer is en die konsensus van kundiges.Die ontwerpte tik-inleiders kan meer as 190 NTM spesies versterk, volgorde en annoteer.
Deur geteikende multipleks PKR-amplifikasietegnologie is die genotiperingsgene en geneesmiddelweerstandige gene van Mycobacterium deur multipleks-PKR geamplifiseer, en die amplikonkombinasie van teikengene wat opgespoor moes word, is verkry.Die geamplifiseerde produkte kan in tweede generasie of derde generasie hoë-deurset volgordebepaling biblioteke gekonstrueer word, en alle tweede generasie en derde generasie volgorde bepaling platforms kan onderwerp word aan hoë-diepte volgorde bepaling om die volgorde inligting van teiken gene te verkry.Deur te vergelyk met die bekende mutasies wat in die ingeboude verwysingsdatabasis vervat is (insluitend die WGO Mycobacterium tuberculosis komplekse mutasiekatalogus en die verwantskap daarvan met geneesmiddelweerstand), is die mutasies wat verband hou met geneesmiddelweerstand of vatbaarheid van anti-tuberkulose middels bepaal.Gekombineer met die self-oopgemaakte sputummonsterbehandelingsoplossing van Makro & Mikro-toets, is die probleem van lae nukleïensuurversterkingsdoeltreffendheid van kliniese sputummonsters (tien keer hoër as dié van tradisionele metodes) opgelos, sodat die opsporing van geneesmiddelweerstandvolgordebepaling direk toegepas op kliniese sputummonsters.
Produkopsporingsreeks
34dwelmweerstand-verwante gene van18anti-tuberkulose middels en6NTM dwelms is opgespoor, bedek297middelweerstandsplekke;Tien soorte Mycobacterium tuberculosis en meer as190soorte NTM is opgespoor.
Tabel 1: Inligting van 18+6 Dwelms +190+NTM
Produkvoordeel
Sterk kliniese aanpasbaarheid: die sputummonsters kan direk opgespoor word met selfvervloeiingsmiddel sonder kultuur.
Die eksperimentele operasie is eenvoudig: die eerste rondte van versterkingsoperasie is eenvoudig, en die biblioteekkonstruksie word binne 3 uur voltooi, wat die werkdoeltreffendheid verbeter.
Omvattende tik- en geneesmiddelweerstand: dek die tik- en geneesmiddelweerstandsplekke van MTB en NTM, wat die sleutelpunte van kliniese kommer is, akkurate tik- en geneesmiddelweerstandsopsporing, ondersteun onafhanklike ontledingsagteware, en generering van ontledingsverslae met een klik.
Verenigbaarheid: produkversoenbaarheid, aanpas by hoofstroom ILM- en MGI/ONT-platforms.
Produk spesifikasie
| Produk-kode | Produk Naam | Opsporing platform | spesifikasies |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tik en dwelm weerstand opsporing kit (multipleks amplifikasie metode) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Postyd: Jan-23-2024